La période qui suit la période coloniale grecque, tout au moins pour ce qui est du Tokharestân, pays qui englobe désormais la Bactriane et le sud de l’ancienne Sogdiane, est conventionnellement répartie entre plusieurs phases : « période des invasions » ou « pré-kouchane » (de c. 145 av. n. è. à c. 50 de n. è.) ; période des Grands Kouchans, du nom de la dynastie d’origine nomade (Yuezhi) qui reconstitue un empire s’étendant aussi sur l’Inde du Nord (c. 50-230) ; une période de domination sassanide directe (c. 230-280), suivie par la période de la vice-royauté kouchano-sassanide (c. 280-375) ; après quoi surviennent de nouvelles invasions de la steppe, dites « chionites », suivies d’une reconstitution impériale sous les Kidarites et les Hephtalites (c. 420-550). La chronologie avait fait longtemps l’objet de grandes incertitudes, avec, pour la période des Grands Kouchans, un flottement sur deux siècles dans les publications numismatiques, ce qui affecta les conclusions de plusieurs fouilleurs soviétiques qui dataient les niveaux d’après les monnaies, mais elle est maintenant beaucoup mieux assurée (un colloque s’est tenu à Berlin les 5-7 décembre 2013, qui va déboucher sur un livre sous la direction de Harry Falk).
L’exposé délaisse provisoirement les grandes villes. Elles continuent leur existence (Bactres, Samarkand, Merv, Bégram) ou se développent davantage (Termez), mais les exemples fouillés n’offrent pas autant de possibilités que Nisa et Aï Khanoum pour saisir le fonctionnement des organismes urbains : ce sont tous des sites à très longue vie, jusqu’à l’époque islamique, et pour cette raison les diverses périodes, sauf les dernières, n’y sont connues que partiellement. Plus riches d’informations cumulées sont alors les villes moyennes, toutes développées à partir de sites antérieurs (achéménides ou grecs) et toutes en grande régression à partir des invasions du IVe s., voire antérieurement.
