Commensal ou pathogène, tout est-il écrit dans le génome ?

Escherichia coli représente en une seule espèce une extraordinaire diversité de clones ayant évolué vers une spécialisation commensale ou pathogène (pathovars) sous l’effet de pressions sélectives mal connues si l’on excepte l’évidence d’un accroissement du phénotype mutateur en période d’exposition à des stress. Cette spécialisation n’est cependant pas uniquement liée à la survenue de mutation, elle est aussi l’effet de l’acquisition horizontale de gènes codant des fonctions spécifiques, en particulier dans la pathogénicité. E. coli présente de ce fait un énorme pangénome qui s’accroît à mesure que de nouveaux génomes sont séquencés. Il est donc passionnant de tenter de retracer le cheminement évolutif de cette spécialisation et d’identifier les facteurs qui l’ont facilitée. Il est tout aussi important de tenter de déchiffrer en combinant analyses de génomes et expériences in vivo ce que sont réellement les facteurs déterminant le coût d’adaptation à certaines niches.