L’objectif de cette série de cours et des séminaires en rapport était, après sept années d’enseignement de la discipline, de refaire un point d’étape de l’évolution de la microbiologie et des maladies infectieuses et de dégager des tendances en matière de progrès de la recherche et d’émergence de problématiques médicales, dont l’intégration donnerait lieu à la définition d’un certain nombre de défis structurant les enseignements à venir. Ces défis peuvent se résumer ainsi.
La microbiologie devient globale. Un pathogène ne peut infecter un hôte que dans le contexte de prédation d’une niche souvent déjà occupée par un microbiote, c’est-à-dire une flore complexe dont il devient vital de comprendre les grands équilibres, la résilience et leurs mécanismes. Ce défi fut par ailleurs illustré par l’organisation d’un symposium international intitulé : « Communication among complex microbial populations and their host ». Un effort particulier fut dédié à la compréhension des mécanismes de compétition entre microbes et à la connaissance des effecteurs dédiés à la survie dans ce contexte : mécanismes d’agression, de défense, compétition métabolique, etc.