Quelle opportunité perdue ! Darwin aurait pu trouver un matériel expérimental merveilleux pour l’étude de l’évolution dans les populations de microbes (où le temps de reproduction se mesure en minutes) [...] Pasteur et ses successeurs en microbiologie auraient pu éviter des décennies de raisonnements confus autour de la variation chez les bactéries. La révolution des biotechnologies aurait pu commencer quelques décennies plus tôt (Lederberg, 1998 ; Kolter et Maloy, 2012)…
On séquence de plus en plus les génomes des microbes. En comparant les génomes microbiens issus d’infections différentes, on peut inférer des phylogénies et dater les événements de divergence dans la phylogénie. La manière dont les microbes se propagent laisse des traces dans leurs génomes. Les origines de certains pathogènes peuvent être récentes (VIH, Ebola).
