Émergences du « monde d'hier » revisitées : la peste et le choléra

La plasticité génétique microbienne est une source majeure de diversification phénotypique soutenant la dynamique des maladies infectieuses émergentes. Ces modifications microbiennes peuvent être considérées comme un moteur influençant les interactions hôte-pathogènes. L’identification de tels événements survenus lors de l’émergence/réémergence d’épidémies/pandémies anciennes peut nous informer utilement sur la dynamique possible d’événements contemporains ou futurs.

Peut-on mieux appréhender, à l’aune des connaissances contemporaines, les mécanismes fondamentaux de l’émergence et de la réémergence de la peste et du choléra, deux infections pandémiques qui ont marqué l’humanité de manière indélébile ?

La peste

Trois grandes pandémies sont clairement documentées, en particulier par l’analyse d’ADN fossile (ou ADN ancien = aADN) prélevé sur des squelettes de nécropoles archéologiquement validées. La première pandémie est la peste de Justinien (541-544, dite aussi pestis inguinaria ou pestis glandularia) qui dura de manière intermittente jusqu’en 750 environ. Seconde pandémie, la peste noire d’Europe (1347-1351) engendra le décès de 30 à 50 % de la population européenne et fut à l’origine de l’effondrement économique et social de cités, de régions, et d’une crise morale et religieuse. Elle fut suivie de vagues successives, la grande peste de Londres au XVII^esiècle et la peste de Marseille au XVIII^esiècle n’étant que des répliques tardives de la peste noire et non des événements de réimportation d’Asie, comme l’atteste l’analyse d’ADN fossile. La troisième pandémie émerge en Chine à la fin du XIX^esiècle, explose en 1894 (découverte de Yersinia pestis par Alexandre Yersin à Hong Kong) et s’étend à l’ensemble de la planète jusqu’au milieu du XX^esiècle. Au-delà du diagnostic moléculaire « relativement aisé » car ne nécessitant pas la connaissance de l’intégralité du génome, il est maintenant possible de développer une véritable génomique phylogénétique permettant, sur la base du séquençage avancé de l’aADN prélevé, de reconstituer des génomes de Y. pestis d’époques et de pandémies différentes, de les comparer et d’ainsi tirer des conclusions sur la survenue de modifications génomiques ayant possiblement entraîné l’émergence, ou expliquant la sévérité particulière d’une épidémie ou pandémie.

Le choléra

Tout au long de l’histoire, le choléra a frappé sur l’ensemble de la planète. Hippocrate (460-377 av. J.-C.) et Galien (129-216 apr. J.-C.) ont décrit une maladie ressemblant de près au choléra. La maladie était connue dès l’Antiquité dans le delta du Gange, « l’épicentre » historique du choléra et est ancrée dans le sous-continent indien. Les premières descriptions modernes par les troupes britanniques dès 1800 rapportent des épidémies violentes touchant des centaines de milliers d’individus, causant une mortalité très élevée. Faisant partie des maladies les plus craintes de l’histoire, elle devint pandémique au XIX^esiècle suite à l’explosion des échanges commerciaux terrestres et surtout maritimes. Il fallut cependant attendre la seconde moitié du XX^esiècle pour élucider les bases du pouvoir pathogène de Vibrio cholerae chez l’homme, suite à son identification par Robert Koch. Les travaux de Rita Colwell permirent par ailleurs de revisiter l’épidémiologie du choléra et de quitter un cadre purement anthropocentrique de la maladie pour ie concept global d’un microorganisme dont l’environnement naturel correspond aux eaux estuarines chaudes et semi-salines (comme celles du golfe du Bengale) dont la densité varie en fonction de celle du phytoplancton dont V. cholerae est un commensal. Le choléra en tant que maladie n’est en fait qu’un « épiphénomène » par rapport au mode de vie environnemental du vibrion cholérique.