Les changements écologiques et anthropologiques ainsi que l’évolution microbienne sont les moteurs essentiels de l’émergence ou de la réémergence des maladies infectieuses. Malgré l’extraordinaire potentiel de versatilité génétique des bactéries et des virus, les facteurs écologiques et anthropologiques dominent largement en tant que moteurs (drivers) de l’épisode initial d’émergence. Cependant, ces épisodes (spill over) ne seront consolidés que par l’existence d’une phase d’expansion où les opportunités d’altération génétique – donc d’adaptation – du pathogène sont maximales et leurs conséquences plus pertinentes et mesurables quant à leur effet sur la dynamique de l’épidémie. Deux points importants sont à prendre en considération : des altérations génétiques accentuant virulence et résistance peuvent induire un coût d’adaptation (fitness cost) incompatible avec la survie et la transmissibilité à long terme du microbe en cause. Ceci est particulièrement vrai pour la résistance à certains antibiotiques. La phase d’expansion nécessite aussi l’intervention de facteurs écologiques et anthropologiques (fréquence des contacts, voyages, etc.).
La compréhension de la dynamique des émergences exige donc l’établissement d’une solide interface « écologie-évolution », la création d’un contexte global de recherche réunissant microbiologistes, biologistes de l’évolution, écologistes et anthropologues. Les défis sont multiples :
- développement d’approches intégrant biologie du pathogène et de l’hôte dans des modèles épidémiologiques d’émergence essentiels pour la prévention et le contrôle rapide des épidémies ;
- analyse des phases précoces de l’épidémie et anticipation de leur développement ;
- mise au point de vaccins ;
- compréhension des mécanismes de résistance des microorganismes et de leurs vecteurs ;
- analyses génomiques comparatives et phylogéniques des pathogènes maintenant essentielles pour « tracer » les voies de transmission intra/inter-espèces et anticiper l’efficacité de transmission ;
- analyse des cycles infectieux animaux-vecteurs (« one world-one health ») et étude des interactions hôtes-pathogènes.
