La première phase de l'histoire de l'assyriologie française s'acheva avec la Première Guerre mondiale. Dans les deux décennies qui précédèrent cet événement, les recherches sur le terrain, jusque là menées par les Français et les Anglais, furent marquées par l'arrivée de nouvelles nations. Il s'agit d'une part des Américains, avec principalement la fouille de Nippur de 1889 à 1900. Surtout, la politique orientale de l'empereur Guillaume II eut pour conséquence l'ouverture par les Allemands de deux chantiers majeurs : celui de Babylone à partir de 1898 et celui d'Assur à partir de 1903. L'archéologie orientale, qui n'était jusqu'alors guère plus qu'une chasse aux objets, connut alors une inflexion notable : désormais, les fouilleurs établirent des stratégies, cherchant à mettre en évidence l'architecture de terre crue caractéristique de la Mésopotamie, et manifestant le souci de documenter rigoureusement le contexte dans lequel les objets étaient exhumés. Pendant ces années, Français et Anglais ne furent plus très actifs. Il y eut bien une campagne de Scheil à Sippar en 1894, la fructueuse reprise de Tello par le commandant Cros de 1903 à 1909 et enfin l'ouverture d'une fouille à Kiš par Genouillac en 1912. Mais la plus importante des fouilles françaises de ces années se situait, non pas en territoire ottoman, mais en Iran : les fouilles de Suse menées par de Morgan de 1897 à 1912 furent extrêmement fécondes, même si les méthodes de l'ingénieur français ne valaient pas celles des architectes allemands.
Ces années virent également la constitution de collections considérables. Le « musée assyrien », ouvert au Louvre en 1847 pour abriter les découvertes de Botta à Khorsabad, avait été englobé dans un « département des Antiques » qui se révéla rapidement ingérable. Avec l'arrivée au Louvre en 1881 des découvertes effectuées par Sarzec à Tello, on créa un « département des Antiquités orientales » dont Léon Heuzey prit la tête. La même année, un musée archéologique fut créé à Constantinople. Son directeur, Hamdi Bey, fit adopter une loi sur les antiquités en 1884, qui faisait de tous les vestiges découverts sur le territoire ottoman des biens de l'Empire, les objets mis au jour lors de fouilles devant impérativement rejoindre les collections du musée de la capitale ; la pratique du sultan consista toutefois à donner personnellement au fouilleur une part des découvertes. À partir de 1892, le P. Scheil fut invité à mettre de l'ordre dans la collection de tablettes de Constantinople, jusqu'à ce qu'il soit appelé par de Morgan en 1897 pour être son épigraphiste à Suse. Le relais fut alors pris par Thureau-Dangin et Genouillac, qui se lancèrent dans la publication du monumental Inventaire des tablettes de Tello.
