La Deuxième Guerre mondiale marqua l'assyriologie française de deux façons. D'abord par la retraite ou le décès des principales figures de l'entre-deux-guerres, comme Fossey, qui cessa d'enseigner au Collège de France en 1939 et mourut en 1946, Scheil et Genouillac qui moururent en 1940 ainsi que Thureau-Dangin, décédé en 1944. Un changement de génération s'opéra, avec corrélativement l'apparition de beaucoup de nouveaux noms. Le conflit mondial se traduisit également par le ralentissement des activités scientifiques. La période qui débuta en 1945 fut donc celle d'un redémarrage, pas toujours aussi rapide que les intéressés l'auraient souhaité.
La première partie du cours a porté sur les enseignements. Au Collège de France, aucun assyriologue ne succéda à Fossey lorsque celui-ci prit sa retraite en 1939. Il fallut attendre 1945 pour qu'Édouard Dhorme fût élu à la chaire de Philologie et archéologie assyro-babyloniennes. En 1952, René Labat lui succéda, proposant pour sa chaire un nouvel intitulé : « Assyriologie ». Il poursuivit également son enseignement à la IVe Section de l'EPHE, jusqu'à son décès en 1974. Il avait réussi à faire créer une nouvelle direction d'études pour Raymond Jestin, qui enseigna le sumérien à ce titre de 1946 à 1973. Une autre direction d'études intitulée « Antiquités assyro-babyloniennes » fut créée en 1958 pour Jean Bottéro, qui l'occupa jusqu'en 1980. À la Ve Section, Jean Nougayrol enseigna jusqu'à sa retraite en 1970, Daniel Arnaud ayant alors pris sa suite. La nouveauté de la période fut l'entrée de l'assyriologie à l'université avec Paul Garelli, qui devint maître de conférences à la Sorbonne en octobre 1967, puis professeur titulaire deux ans plus tard, optant alors pour un rattachement à Paris-1.
