Les concepts de compartiment et de frontière entre compartiments sont nés des travaux menés chez la Drosophile. Les frontières ont plusieurs fonctions, elles constituent des obstacles à la migration des cellules, des bords à suivre pour la migration des axones et des centres de signalisation. Ces centres de signalisation participent au « patterning » des tissus embryonnaires en réglant la sécrétion d’oncogènes et de morphogènes, parfois sous une même forme moléculaire (Wnt, FGF, ...).
Cette segmentation des vertébrés fut redécouverte par Lumsden et Keynes en 1989 sur le cas du rhombencéphale. Je dis « redécouverte » à cause du caractère pionnier de la proposition d’Étienne Geoffroy Saint-Hilaire en 1822. Mais parler de redécouverte est un peu exagéré. Si, dans un cas comme dans l’autre, la première observation est anatomique, ce qui emporta l’adhésion en 1989 fut le corrélat génétique de l’expression des gènes Hox et l’orthologie entre les gènes Hox de la mouche et des vertébrés qui permettait de penser cette orthologie aussi au niveau anatomique.
C’est donc le corrélat entre génétique et anatomie ou plutôt une forme de congruence entre orthologie génétique et orthologie anatomique qui autorise en 1989 à étendre aux vertébrés un concept de segmentation jusque là réservé à certains invertébrés, dont les arthropodes.