Pour la plupart des auteurs, c’est pendant la quarantaine d’années qui va de l’avènement de Warad-Sin au milieu du règne de Rim-Sin (de 1834 à 1793) qu’Ur connut son apogée à l’époque paléo-babylonienne, avant que Hammu-rabi n’annexe le royaume de Larsa et que de ce fait Ur se retrouve intégrée au royaume de Babylone. Mais on aurait tort de considérer le quart de siècle de domination par Hammu-rabi (1763-1750), puis Samsu-iluna (1749-1738), comme une période de déclin. On relève pendant ces vingt-cinq ans un contraste entre une histoire politico-militaire chahutée et, par ailleurs, de nombreux éléments de continuité révélés par les archives.
La période commence par la conquête du royaume de Larsa par Hammu-rabi : aucune information précise n’a trait à la chute d’Ur. Dans le prologue du Code de Hammu-rabi, la place faite à Ur, à son dieu Nanna et à son sanctuaire, l’Ekišnugal, juste après Babylone, Marduk et l’Esagil, est remarquable ; elle contraste avec le peu de traces laissées sur place par le conquérant babylonien. Au bout de treize ans, Hammu-rabi mourut et son fils Samsu-iluna lui succéda. Il n’a laissé aucune inscription à Ur, mais on sait désormais qu’il ne négligea pas la ville : un texte découvert en 2017 dans la maison d’Abisum montre que le roi vint en personne à Ur offrir le trône au dieu Nanna mentionné dans le nom de l’année 5. On constate qu’il n’existe à Ur aucun texte entre le milieu du onzième mois de l’an 8 de Samsu-iluna et le milieu du huitième mois de l’an 10, donc pendant un an et neuf mois : c’est durant cette période que les habitants d’Ur reconnurent le rebelle Rim-Sin II ; contrairement à ce qui a été souvent écrit, celui-ci ne prit cependant pas le titre de « roi d’Ur ». Samsu-iluna réussit à reprendre la totalité du Sud durant sa dixième année de règne. La muraille d’Ur fut détruite, de même que celle d’Uruk où avait régné l’usurpateur Rim-Anum.