L’espèce humaine et ses ancêtres ont coévolué avec leur microbiote/microbiome.
L’existence d’un core microbiome chez l’ensemble des individus indique que ce microbiote a conféré un avantage sélectif. Certains de ces microorganismes – pathobiotes – ont un potentiel pathogène. Certes... mais les grands équilibres façonnés par la coévolution contrôlent leurs effets délétères potentiels grâce à une contrebalance par des microorganismes symbiotes mutualistes, les cantonnant – entre autres – dans un rôle d’inducteurs et de régulateurs des réponses immunitaires (réponses Th1, Th17, etc.).
L’hygiène : la perte de microorganismes, incluant les pathogènes, a créé une situation favorable au développement harmonieux de l’homme. Cette perte de microorganismes clés d’équilibres ancestraux semble néanmoins avoir créé ou facilité les conditions de survenue d’une pathologie « postmoderne » largement marquée par une rupture de l’homéostasie de l’inflammation : asthme/atopie, MICI, obésité... Ainsi apparaît « l’hypothèse hygiéniste ». Inversement, des situations contemporaines nous rappellent ce que devaient être les conséquences physiologiques du manque d’hygiène chez l’homme « prémoderne ». C’est le cas de l’entéropathie environnementale pédiatrique, première cause de malnutrition et de retard de croissance et de maturation psychomotrice chez le très jeune enfant dans les régions les plus défavorisées comme l’Afrique sub-saharienne, Madagascar et l’Asie du Sud.
