Ce cours a situé la problématique générale des maladies infectieuses, leur prévalence, leur gravité potentielle et l’inégalité de la population mondiale face à ces infections, soulignant le fait que la mortalité par infection reste parmi les causes majeures de décès dans le monde aujourd’hui. Les mécanismes de la virulence des microorganismes et, en miroir, les mécanismes protecteurs de l’hôte ont été rappelés dans toutes leurs composantes. Une présentation particulière de l’importance de l’immunité locale et de ses composantes à l’interface hôte/milieu extérieur (arbre respiratoire, tube digestif, peau) a été effectuée. Dans ce cours ont ensuite été développées les informations précieuses apportées par la génétique, qui nous apprend que nous ne sommes pas égaux face aux risques infectieux. Deux types de résultats ont été discutés : i) la mise en évidence de variants génétiques fréquents mais à risque faible et ii) la mise en évidence de variants rares créant un risque élevé de tel ou tel type d’infections.
Il a été ensuite montré comment, à l’échelle des populations, l’étude des variations génétiques (sélection négative, positive d’allèles, sélection balancée) a permis d’établir ces dernières années des « signatures » de résistance aux pathogènes avec lesquels l’homme cohabite depuis plus de 100 000 ans. Des exemples ont été présentés – y compris de sélection récente – de variants génétiques sans doute en rapport avec les pandémies de peste, dont celle du XIVe siècle. Ces travaux débouchent aujourd’hui sur la possibilité d’analyse conjointe des variants et de leurs conséquences fonctionnelles dans les mécanismes des réponses immunitaires (innée et adaptive). L’évolution en parallèle des microbes (adaptation à l’hôte) a été également illustrée par l’étude de l’évolution au cours de ces 5 000 dernières années de Yersinia pestis, la bactérie responsable de la peste. Les effets de l’évolution sur les caractéristiques du système immunitaire ont enfin été montrés en discutant les concepts de redondance des réponses immunitaires.
