Les antibiotiques sont classés sur la base de leur structure chimique. En conséquence, les membres d’une classe donnée sont des molécules étroitement apparentées, partageant le même mode d’action et sont donc sujets à la résistance croisée. C’est pourquoi la résistance doit être abordée en termes de classes et non de molécules isolées. Les bactéries ont développé quatre principaux mécanismes de résistance : (i) modification de la cible entrainant une diminution d’affinité de la molécule pour sa cible ; (ii) production d’une enzyme qui inactive l’antibiotique ; (iii) imperméabilité ; et (iv) extrusion des antibiotiques en dehors des cellules par des pompes énergie dépendantes.
Le génome bactérien est composé du chromosome et d’éléments génétiques mobiles accessoires. Le chromosome contient l’information génétique nécessaire à la vie de la cellule alors que, comme leur nom l’indique, les éléments génétiques portent des gènes qui sont dispensables bien qu’ils puissent procurer des avantages importants pour la survie de l’hôte, telle la résistance aux antibiotiques. La résistance peut être endogène secondaire à des mutations dans des gènes chromosomiques de structure ou de régulation et n’est généralement pas infectieuse de bactérie à bactérie. À l’inverse, la résistance exogène est due au transfert horizontal d’information génétique entre bactéries. Il existe trois niveaux de dissémination de la résistance selon le vecteur : bactérie (dissémination clonale), réplicon (épidémie plasmidique) ou gène (épidémie de transposon). Ces divers niveaux, qui sont responsables de l’extraordinaire augmentation de la résistance, sont non seulement infectieux mais également exponentiels car chacun est associé à la réplication de l’ADN. L’acquisition de la résistance correspond à un gain de fonction et est donc, généralement, associée à un coût biologique ; les dérivés résistants ont un degré de fitness moindre que celui de la souche parentale. Le coût biologique détermine la stabilité et la réversibilité de la résistance. Une évolution compensatoire peut survenir, réduisant le coût biologique et stabilisant les bactéries résistantes dans la population naturelle. La dissémination de la résistance étant étroitement associée à l’ampleur de la pression de sélection, le seul espoir est de retarder cette dissémination. Ceci ne nous laisse qu’une seule recommandation : les antibiotiques doivent être utilisés précautionneusement.
