Résumé
Contenu des enhancers et liaisons aux facteurs de transcription ; orthographe, syntaxe et grammaire. Topologie génomique des enhancers.
Dans cette quatrième leçon, les façons dont les enhancers peuvent lier des facteurs de transcription sont décrites, avec la notion de séquence ADN consensus. Les modes de distribution de telles séquences au sein d’un même enhancer sont alors décrites. Ensuite, l’utilisation d’un réseau de neurones convolutif est présenté, afin de trouver des séquences enhancer à la simple lecture de l’ADN, après un apprentissage profond. Ces résultats prometteurs ouvrent la voie à la production de séquences enhancer synthétiques ayant des propriétés souhaitées dans un but précis.
Dans la seconde partie de la leçon, l’examen de différentes topologies génomique d’enhancers est proposé, i.e., la façon dont des enhancers multiples sont agencés dans des paysages de régulation. Quelques topologies récurrentes sont présentées, avec des exemples de locus génomiques critiques dans le développement des mammifères.
