Fondée en 1959, la bibliothèque d'études japonaises propose environ 45 000 volumes et est largement ouverte à tous les chercheurs pour le prêt et la consultation : son fonds rassemble des ouvrages sur l'histoire, les religions et la littérature japonaises des périodes allant de l'Antiquité à la fin d'Edo (1867). Ses missions sont doubles : constituer un fonds de référence de haut niveau et offrir aux chercheurs les informations bibliographiques les plus complètes et les plus à jour.
Elle conserve plusieurs collections rares : en plus d’une centaine de livres anciens japonais (wakosho), la bibliothèque est dépositaire depuis 2002 d'une collection privée, la collection Louis Kreitmann, du nom d’un polytechnicien ayant séjourné au Japon entre 1876 et 1878 en tant qu'officier du génie. Cette collection comprend, entre autres, deux albums de photos (environ 500 clichés) du Japon datant du 19e siècle réunies ou prises par Louis Kreitmann, ainsi que quatre recueils originaux d'illustrations (costumes de théâtres, portraits d'étrangers, créatures imaginaires) provenant de la famille Tayasu, une des branches de la famille Tokugawa, deux rouleaux illustrés (emaki), des cartes anciennes, etc. L’inventaire de cette collection et une partie du fonds numérisé sont consultables sur Salamandre.
La bibliothèque offre également l’accès à des ressources en ligne comme la base de données JapanKnowledge qui permet de consulter des dictionnaires (historiques, de langues, who's who, etc.), des encyclopédies, des collections d'œuvres classiques (Toyo bunko), et la liste des ventes de livres japonais anciens (Kôbunsô Taika Koshomoku, unique en France).
Elle propose 58 places assises dont 3 carrels et deux salles de travail en groupe dans une salle de lecture commune aux cinq bibliothèques des Mondes asiatiques.
La bibliothèque a reçu en octobre 2022 le label « CollEx-collections d’excellence », décerné par le groupement d’intérêt scientifique Collex-Persée. Ce label identifie les fonds documentaires de niveau recherche remarquables par leur ampleur et leur originalité et permet à la bibliothèque labellisée d’être associée à des projets nationaux de cartographie des fonds, de numérisation, ou de participer à des appels à projets associant des chercheurs.
