Jean-Luc Fournet est papyrologue, spécialiste de l’époque protobyzantine (IVe-VIIe siècles).
Après un séjour en Égypte comme membre scientifique de l’IFAO du Caire (1992-1996), où il se familiarise avec l’Égypte, ses sites et ses collections papyrologiques et prend part à diverses missions archéologiques (Tebtynis et le désert Oriental), il est recruté au CNRS comme chargé de recherche, rattaché à l’UMR 7044 de Strasbourg. Ses travaux lui valent la médaille de bronze du CNRS en 1999. En 2004, il est élu directeur d’études à l’École pratique des hautes études (section des Sciences historiques et philologiques) en papyrologie grecque, puis, en 2015, professeur du Collège de France sur la chaire Culture écrite de l’Antiquité tardive et papyrologie byzantine. Il est membre de l’équipe « Monde byzantin » de l’UMR 8167 « Orient et Méditerranée ». Depuis 2017, il est aussi directeur d’études cumulant à l’École pratique des hautes études. Entre autres activités éditoriales, il coédite la revue Archiv für Papyrusforschung et dirige la série Studia Papyrologica et Aegyptiaca Parisina.
Éditeur de papyrus, il a développé une approche holistique de la documentation s’intéressant aux interactions entre textes littéraires et documentaires. Il travaille plus généralement sur la culture de l’Antiquité tardive – notamment le multilinguisme et les modalités de la culture écrite.