Le cinquième cours a examiné en détail plus formel, la syntaxe du langage Kappa. De nombreux exemples de règles sont donnés pour illustrer son expressivité. Deux aspects du design minimaliste de Kappa sont explicités.
L’interface d’un agent ne peut pas avoir deux sites portant le même nom
Cela reflète l’idée que deux domaines du même type (exemple : deux domaines SH2 dans un RasGAP) ne sont généralement pas situés dans le même contexte structurel et pourraient, par conséquent, différer dans leurs conditions d’interaction, ce qui justifie des noms distincts. Cette restriction est cruciale car elle rend la complexité d’identifier une correspondance d’un dessin Kappa dans un graphe hôte au plus quadratique de la taille du dessin.
Une règle Kappa est conçue pour être locale
L’intention est qu’il ne devrait jamais être nécessaire de vérifier en dehors du dessin pour déterminer si un dessin est contenu dans un graphe hôte. Cependant, si le dessin gauche d’une règle se compose de deux composants connectés, la règle peut induire un événement de réaction intra- ou intermoléculaire. La distinction est importante, car la constante de vitesse des deux cas diffère dans leur volume de dépendance. De telles règles obligent le simulateur à surveiller les informations globales, causant ainsi une augmentation substantielle du temps de calcul. Des modèles Kappa simples sont utilisés pour illustrer l’architecture d’un fichier d’entrée. Un modèle plus avancé introduit des détails mécanistiques de base juste pour copier un polymère. Ce modèle met en œuvre une relecture basée sur la discrimination cinétique et énergétique comme expliquée dans le cours 3 et illustre comment l’erreur (entropie) peut conduire à une polymérisation énergétiquement défavorable. Bien que le modèle soit soluble analytiquement à l’état stationnaire, sa dynamique serait peu pratique à exprimer avec les équations habituelles de la cinétique chimique. La démonstration et l’exécution du modèle introduit l’interface utilisateur graphique de la plateforme Kappa.
