Une estimation indépendante du puits biosphérique continental est obtenue en faisant des inventaires locaux des stocks de carbone des forêts et des écosystèmes. Le bilan à l’échelle de la planète montre des variations systématiques sur deux décennies. Le puits forestier brut est d’environ 2,4 GtC/an avec des contributions importantes aux latitudes tropicales et tempérées. Ce flux est partiellement compensé par un flux inverse d’environ 1,3 GtC/an lié aux modifications par l’homme des écosystèmes tropicaux (bilan de la déforestation et de la reforestation tropicale). Au final le puits forestier net est donc de l’ordre de 1,1 GtC/an pour les décennies 1990-2000. Des études précises des forêts sont conduites pour évaluer la variabilité du puits de carbone. Par exemple, la mesure systématique de la taille des arbres en Amazonie semble indiquer une diminution du puits de carbone en raison d’une mortalité accrue des arbres dont l’origine n’est pas encore élucidée.
Les satellites permettent de quantifier la végétation depuis l’espace en analysant le rayonnement solaire réfléchi. La mesure relative de la réflectance dans le rouge visible (absorbé par les plantes) par rapport aux infrarouges proches (diffusés par les plantes) conduit au calcul de l’index NDVI (Normalized Difference Vegetation Index) que l’on peut relier à la production primaire de la végétation terrestre. La relation n’étant pas idéale, d’autres indices ont été développés avec la télédétection (FPAR : Fractional Photosyntetically Active Radiation, LAI : Leaf Area Index, etc.).
Plus récemment, on a découvert que les capteurs embarqués sur les satellites dédiés à la mesure de pCO2 (GOSAT et OCO-2), peuvent aussi mesurer un signal de fluorescence de la chlorophylle active. Le suivi du puits de carbone de la végétation terrestre devrait donc faire des progrès significatifs dans un avenir proche.