Le programme d’enseignement de Jean Yoyotte au Collège de France, dont il dévoile les grands axes lors de sa leçon inaugurale du 27 mars 1992, s’inscrit dans la continuité de ses recherches sur la géographie du Delta et l’histoire de l’Égypte aux époques tardives. Pendant six ans, il aborde lors de ses cours et séminaires des sujets jusque-là peu exploités. Sous le thème de « recherches de géographie historique et religieuse », il analyse les processions de « génies économiques » représentées dans les temples gréco-romains, fait connaître des figures méconnues du panthéon égyptien et précise les fonctions marginales de certains dieux majeurs. Il poursuit notamment l’étude de la province du Harpon de l’ouest, VII^e Nome de Basse-Égypte, qu’il avait entamée à l’EPHE en 1988. En s’appuyant sur de nombreuses sources iconographiques et philologiques d’époque ptolémaïque et à travers une enquête prosopographique poussée, il met en lumière l’importance des divinités et des lieux saints de cette province pauvrement documentée aux confins nord-ouest de l’Égypte. En parallèle, il consacre de nombreuses séances aux « contacts entre Égyptiens et Grecs (VII^e-II^e siècles av. J.-C.) » en se focalisant sur les données relatives à la ville de Naucratis, connue pour être un emporion grec sur la branche canopique du Nil à l’ouest du Delta. En choisissant le titre « Naucratis, ville égyptienne », il réfute l’idée de voir en cette ville une « enclave grecque, isolée dans son hellénisme et comme en marge de l’univers pharaonique ». Tout en s’interrogeant sur l’origine – égyptienne d’après lui – du nom de Naucratis (Nȝy=w-Krḏ), il dresse un bilan détaillé du matériel pharaonique du site : une documentation à la fois épigraphique et archéologique mal connue jusqu’alors des égyptologues. Il conclut ainsi que Naucratis était une ville égyptienne autant qu’un établissement grec et suppose l’existence d’un temple initial d’Amon-Rê-Baded sur le site dès la XXVI^e dynastie saïte.

Entre 1993 et 1995, il est invité pour une série de cours, aux Pays-Bas, en Allemagne et en France, où il évoque la nécropole royale de Tanis, les relations égypto-grecques et la géographie religieuse.

Une fois à la retraite en 1997, le professeur, désormais honoraire du Collège de France, poursuit ses travaux sur la partie occidentale du Delta et ajoute de nouvelles contributions importantes à la longue liste de ses publications. Ses recherches sur la géographie religieuse le mènent également à participer aux travaux de l’Institut européen d’archéologie sous-marine (IEASM), dans la baie d’Aboukir, où il est chargé d’analyser le matériel découvert à l’emplacement des antiques villes de Thônis-Heracléion et Canope.