Le cours 2017-2018 a été un point d’étape important dans un domaine extrêmement dynamique de la microbiologie : le microbiote. L’objectif était une mise à jour sur des sujets clés : les mécanismes assurant stabilité, robustesse et résilience du microbiote intestinal ainsi que les mécanismes sous-tendant son effet de barrière contre des microbes intrus, en particulier pathogènes ; les bases et la rationalité des symbioses étudiées dans des systèmes modèles animaux, avec un intérêt particulier pour le rôle de l’interaction microbe/hôte dans le développement de ce dernier, les « fables de symbioses ». Nous nous sommes interrogés sur l’existence de symbioses virales véritables aux confins de la latence et leur rôle possible, en particulier dans la maturation du système immunitaire, voire de sa sénescence et de la survenue de maladies auto-immunes. Nous avons également étudié les moyens de passer de corrélation à causalité dans les effets pathologiques associés à un déséquilibre du microbiote (dysbiose) et avons tenté d’établir une définition des signatures microbiologiques pathologiques et d’adapter à des populations microbiennes complexes des « postulats de Koch revisités ». Nous nous sommes enfin intéressés à l’influence développementale réciproque de divers microbiotes et du nouveau-né/nourrisson.
Chacun des cours a été précisé par un séminaire mettant en avant et développant un sujet particulier en rapport avec le thème du cours, donné par un éminent spécialiste du domaine considéré. Ces séminaires, au-delà de la thématique qu’ils traitaient, insistaient sur les approches et méthodologies expérimentales utilisées au laboratoire ou sur le terrain.