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L’invasion du CO2 anthropique induit une acidification des masses d’eaux de surface qui constitue une cinquième preuve quantitative de sa séquestration océanique. Le CO2 atmosphérique se dissout dans l’océan pour former du CO2 aqueux dont l’hydratation conduit à la formation d’acide carbonique. Ce diacide faible présente deux dissociations produisant des ions hydronium (H3O+), ainsi que des ions bicarbonates (HCO3− ≈ 89 %) et des carbonates (CO32− ≈ 11 %).

L’eau de mer est une solution tampon dont les variations de pH sont limitées : en surface sa valeur varie de 8 à 8,3 (voire 8,5 dans les cas de forte photosynthèse duphytoplancton), alors qu’en profondeur le pH diminue jusqu’à 7,4 entre 1 000 et 2 000 m de profondeur où les bactéries reminéralisent la matière organique. En surface, les organismes du plancton modifient aussi le pH à cause de la synthèse de la matière organique qui consomme des ions H3O+, et de la précipitation du carbonate de calcium qui en produit en déplaçant les équilibres acido-basiques. Cette synthèse biologique induit donc un pompage du CO2 de l’atmosphère vers l’océan (la pompe organique) et un effet de relargage de CO2 de l’océan vers l’atmosphère (la « contre-pompe » du calcaire, c’est-à-dire de carbonate solide).

Des milliers de mesures de TCO2 et de l’alcalinité des eaux de surface ont permis de cartographier les gradients géographiques du pH, avec des minima dans la zone équatoriale, et des maxima aux hautes latitudes et dans les zones côtières très productives. Depuis les années 90, des mesures directes du pH, avec une résolution saisonnière, sont disponibles pour les stations d’Hawaii, des Bermudes et des Canaries. Les trois séries temporelles montrent une diminution progressive similaire, équivalente à environ 0,02 unité pH par décennie. Grâce aux estimations de l’invasion du CO2 anthropique décrites précédemment, il est possible d’estimer que le pH moyen a diminué d’environ 0,1 unité depuis le début de l’ère industrielle, ce qui s’accorde avec l’extrapolation de la baisse actuelle du pH.