Florent Ginhoux est diplômé en biochimie de l'université Pierre-et-Marie-Curie (UPMC), Paris-VI. Il a obtenu une maîtrise en immunologie à l'Institut Pasteur en 2000 et son doctorat en 2004 à l'UPMC, Paris-VI. En tant que postdoctorant, il a rejoint le laboratoire de Miriam Merad à la Mount Sinai School of Medicine (MSSM) à New York, où il a étudié l'ontogenèse et l'homéostasie des cellules myéloïdes, avec un accent particulier sur les cellules de Langerhans et la microglie. En 2008, il est devenu professeur adjoint au département de Médecine génétique et cellulaire du MSSM et membre de l'Institut d'immunologie du MSSM. Il a rejoint le Singapore Immunology Network (SIgN), A*STAR en mai 2009 en tant que chercheur principal junior puis il est devenu chercheur principal senior en 2014. Il a également rejoint le programme EMBO Young Investigator (YIP) en 2013.
Florent Ginhoux est un chercheur « hautement cité » sur le Web of Science depuis 2016. Il est également professeur adjoint invité à l'Institut d'immunologie de Shanghai (Université Jiao Tong) depuis 2015 et professeur adjoint associé à l'Institut d'immunologie translationnelle, SingHealth et Duke NUS à Singapour depuis 2016. Il est actuellement directeur de laboratoire à l'Institut Gustave-Roussy où il se concentre sur les cancers pédiatriques et le rôle des cellules myéloïdes dans la progression tumorale. Il est devenu membre de l'EMBO en 2022.
Florent Ginhoux est lauréat du Prix Lacassagne 2023.