Emmanuelle Portugal est titulaire d’une licence de lettres classiques à l’Université de Rennes-II et d’un master II Recherche en « Histoire culturelle et sociale de l’Antiquité au monde contemporain » dispensé à l’Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines pour lequel elle a été récompensé par le prix au mérite Donation Perrot dit Halor en Lettres et Sciences Humaines dispensé par la Chancellerie des universités de Paris. Faisant partie des primo-doctorants de la Fondation des Sciences du Patrimoine (FSP), elle a débuté en octobre 2011 une thèse en histoire médiévale à l’université de Versailles-Saint-Quentin-en-Yvelines sous la direction conjointe de Pierre Chastang (Laboratoire DYPAC) et de Ghislain Brunel (Archives nationales) rejoints par le Pr Patrick Boucheron. Elle bénéficie pour l’année universitaire 2018-2019 de la bourse Anna Caroppo attribuée par la Fondation du Collège de France.
Sa thèse intitulée « Des chartes aux registres. La culture des notaires-secrétaires royaux au milieu du XIVe siècle, étude sociale et documentaire » a pour ambition d’approfondir et d’éclairer d’un jour nouveau l’histoire et le fonctionnement de la chancellerie royale française tout en s’intéressant à la mise en place d’une rhétorique de l’écrit royal dans sa dimension matérielle, historique et culturelle. Centrées sur le XIVe siècle, ses recherches s’appuient principalement sur l’exploitation et l’analyse des registres de chancellerie, véritables monuments archivistiques conservés aux Archives nationales, et d’une typologie documentaire spécifique, les chartes royales ornées.
Ella a été membre du comité éditorial de la revue numérique Circé. Histoire, Savoirs, Sociétés pour laquelle elle a dirigé la réalisation du portrait filmé d’Olivier Guyotjeannin, professeur de Diplomatique et archivistique médiévales à l’École nationale des chartes.