Né en 1952, Pierre Magistretti est docteur en médecine de l'Université de Genève et professeur de neurosciences. Codirecteur du Brain Mind Institute de l'Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL), il est également, directeur du Centre de Neurosciences Psychiatriques du Département Universitaire de Psychiatrie du CHUV, Université de Lausanne.
Soutenu par une bourse du Fonds national suisse de la recherche scientifique, il poursuit ses études au Salk Institute for Biological Studies à San Diego et obtient le titre de Doctor of Philosophy (PhD) en biologie (mention neurobiologie) de l'University of California at San Diego (UCSD).
C'est durant cette période que se cristallise l'intérêt de Pierre Magistretti pour les mécanismes moléculaires et cellulaires de régulation du métabolisme énergétique cérébral. Son travail de thèse de PhD aboutit à la formulation d'une hypothèse originale selon laquelle la fonction principale de certains neurotransmetteurs serait de participer au couplage entre l'activité neuronale et le métabolisme énergétique local. De retour à Genève au département de pharmacologie, Pierre Magistretti poursuit ses recherches sur les interactions entre neurotransmetteurs monoaminergiques et peptidergiques. Dès cette époque son laboratoire est un des pionniers de l'étude des fonctions de la glie, notamment son rôle dans la régulation du métabolisme énergétique en relation à l'activité synaptique.
En 1987, Pierre Magistretti est l'un des premiers bénéficiaires du programme START (Swiss Talents for Academic Research and Teaching) du Fonds national suisse de la recherche scientifique visant à faciliter la relève universitaire. Un an plus tard, à 36 ans, il est nommé professeur ordinaire à la chaire de Physiologie de l'université de Lausanne.
Au point de vue de la recherche expérimentale, le groupe de recherche de Pierre Magistretti a été l'un des pionniers dans l'étude du métabolisme cérébral et des mécanismes qui sont à la base des signaux détectés par les techniques d'imagerie fonctionnelle cérébrale. En particulier, il a mis en évidence le rôle d'un type particulier de cellules cérébrales, les astrocytes, qui fournissent l'énergie nécessaire aux neurones pour leur activité. La portée de ses travaux de laboratoire a largement dépassé le domaine des neurosciences expérimentales ; ils sont particulièrement reconnus dans le domaine de l'imagerie fonctionnelle cérébrale. Pierre Magistretti a signé plus de 130 articles originaux dans des revues à haut impact. La recherche dans son laboratoire est soutenue à un niveau important depuis plus de vingt ans par le Fonds national suisse de la recherche scientifique et par d'autres instances internationales qui pratiquent l'évaluation par « peer-review ».
Fortement impliqué dans le développement des neurosciences en Suisse et en Europe, Pierre Magistretti a été à l'origine de la création du département interfacultaire de neurosciences de l'Université de Lausanne, dont il a été le premier président, et de la Société suisse de neurosciences, dont il a été le premier président élu. Pierre Magistretti a été président de la Fédération européenne des sociétés de neuroscience de 2002 à 2004.
Pierre Magistretti a occupé diverses fonctions au sein de la faculté de biologie et médecine de l'université de Lausanne, d'abord comme professeur ordinaire de physiologie entre 1988 et 2004, puis comme vice-doyen (1996-2000) de cette faculté et également comme directeur du département de physiologie (2001-2004). Depuis 2004, Pierre Magistretti est professeur au département de psychiatrie au sein duquel il dirige le Centre de neurosciences psychiatriques. En janvier 2005, Pierre Magistretti a été également nommé professeur de neurosciences à l'École polytechnique fédérale de Lausanne (EPFL), au sein du Brain and Mind Institute dont il est le codirecteur.
Pierre Magistretti est membre du conseil de la recherche du Fonds national suisse de la recherche scientifique.
Pierre Magistretti a été élu membre de l'Academia Europea en 2001 et de l'Académie suisse des sciences médicales en 2003. Il a reçu divers prix scientifiques dont le Theodore Ott Prize de l'Académie suisse des sciences médicales et l'Emil Kraepelin Professorship du Max-Planck Institute for Psychiatry. Il a été élu à la chaire internationale du Collège de France pour l'année académique 2007-2008.
Pierre Magistretti est particulièrement intéressé à la réflexion autour des liens entre neurosciences et psychiatrie qui a notamment abouti à la rédaction du livre récemment publié aux éditions Odile Jacob À chacun son cerveau, avec un collègue pédopsychiatre et psychanalyste, le professeur François Ansermet. Dans ce livre, la plasticité neuronale, c'est-à-dire la capacité que les neurones ont de modifier leurs connections suite à l'expérience vécue, est prise comme point de rencontre entre deux disciplines que tout sépare a priori, comme les neurosciences et la psychanalyse.