Né en 1940 à Oslo, Jon Elster a fait ses études à Oslo et à Paris, où il a défendu sa thèse « Production et Reproduction : Essai sur Marx » pour le doctorat ès lettres et sciences humaines en 1972. Après avoir enseigné pendant quelques temps la sociologie à l'université de Paris-VIII, il est devenu membre des départements de philosophie et d'histoire à l'Université d'Oslo.
Vers les années 1980, il a commencé à enseigner la science politique aux États-Unis, d'abord à l'université de Chicago puis, comme Robert K. Merton, Professor of Social Science, à Columbia University à New York.
Il est membre d'académies scientifiques en Norvège, en Grande-Bretagne et aux États-Unis ainsi que d'Academia Europaea, et docteur honoris causa aux universités de Valencia, de Stockholm et de Trondheim.
Il a reçu plusieurs prix, dont le prix Jean Nicod et le prix Nansen.