Jean-Jacques Hublin est paléoanthropologue, auteur de nombreux travaux sur l’évolution des Néandertaliens et sur les origines africaines des hommes modernes.
Il a joué un rôle pionnier dans le développement de la paléoanthropologie virtuelle, qui fait largement appel aux techniques de l’imagerie médicale et industrielle, et à l’informatique pour reconstituer et analyser les restes fossiles. Il s’est aussi intéressé à l’évolution des rythmes de croissance et au développement cérébral chez les hominidés ainsi qu’à l’histoire de sa discipline.
Après une carrière de chercheur au Centre national de recherche scientifique, Jean-Jacques Hublin est nommé professeur à l’université de Bordeaux-I (1999). Il est, depuis 2004, professeur à l’institut Max-Planck d’anthropologie évolutionnaire de Leipzig (Allemagne) où il a créé le département d’Évolution humaine. Il enseigne à l’université de Californie à Berkeley (1992), à l’université de Harvard (1997) et à l’université de Stanford (1999 et 2011). Depuis 2010, il dispense régulièrement des cours à l’université de Leiden (Pays-Bas). En 2011, il est choisi pour être le premier président de la Société européenne pour l’étude de l’évolution humaine (ESHE) nouvellement fondée.
De 2014 à 2021, Jean-Jacques Hublin est professeur invité sur la chaire internationale Paléoanthropologie du Collège de France. En 2017, il dirige, avec le Pr Abdelouahed Ben-Ncer, une équipe internationale qui met au jour des restes d’Homo sapiens primitifs associés à des outillages de pierre et des restes de faunes à Jebel Irhoud, au Maroc.
En septembre 2021, Jean-Jacques Hublin devient titulaire de la chaire Paléoanthropologie du Collège de France. Il y dirige l'équipe Paléoanthropologie du Centre interdisciplinaire de recherche en biologie.