Ancien étudiant de l’ENS Cachan, Frédéric Magniez est agrégé de mathématiques et docteur en informatique. Sa thèse reçoit le prix de l’Association française d’informatique théorique en 2000. Il devient ensuite chercheur au CNRS et travaille à l’université Paris-Sud, avant de rejoindre l’Institut de recherche en informatique fondamentale (IRIF) à l’université de Paris en 2010. Ses travaux de recherche portent sur la conception et l’analyse d'algorithmes probabilistes pour le traitement des grandes masses de données, ainsi que le développement de l'informatique quantique et plus particulièrement les algorithmes, la cryptographie et ses interactions avec la physique.

Professeur à l’École polytechnique de 2003 à 2015, Frédéric Magniez co-construit le premier cours de l'école dédié à l'informatique quantique. Il crée et anime en 2006 le groupe de travail national d’Informatique quantique, qui rassemble actuellement 20 équipes de recherche. De 2013 à 2017, il dirige l’équipe Algorithmes et complexité, dont la recherche en informatique quantique est mondialement reconnue. En 2015, il devient directeur adjoint de la Fondation des sciences mathématiques de Paris, un réseau d’excellence regroupant 1 200 chercheurs en sciences mathématiques et informatiques, avant de prendre la direction de l’IRIF en 2018.