La synthèse de squelettes carbonatés par les organismes biologiques a aussi une influence sur les équilibres acido-basiques de l’eau de mer. Pour se former, le carbonate de calcium consomme des ions dissous, notamment des ions carbonates CO32–. Pour compenser cette perte, des ions HCO3– (bicarbonates ou hydrogénocarbonates) se transforment en ions CO32– et en CO2 dissous.
La précipitation de CaCO3 solide déplace donc les équilibres acido-basiques et conduit à une baisse du pH de l’eau de mer. Si la pCO2 de l’eau de surface est en équilibre avec celle de l’atmosphère sus-jacente, l’excès de CO2 lié à la calcification va diffuser de l’océan vers l’atmosphère. Ce phénomène est souvent appelé la « contre-pompe » des carbonates pour souligner le fait que la calcification a tendance à augmenter la pCO2 atmosphérique, contrairement à la pompe biologique organique décrite plus haut.
Après la mort des organismes, les squelettes carbonatés sédimentent dans la colonne d’eau et s’empilent sur le fond des océans pour y former des boues calcaires. Une partie des carbonates va se redissoudre sous forme d’ions carbonate et de calcium. La dissolution a lieu pendant la chute dans la colonne d’eau, ainsi que dans l’eau interstitielle des sédiments de surface. La réaction est favorisée car la solubilité du calcaire augmente avec la pression et diminue avec la température. Les pressions élevées et les basses températures du fond de l’océan favorisent donc la dissolution des carbonates formés dans les couches superficielles de l’océan. De plus, la dégradation de la matière organique diminuant le pH des eaux profondes, l’effet de sous-saturation du calcaire est encore augmenté, notamment dans le Pacifique nord où les masses d’eau âgées sont caractérisées par des TCO2 élevées, ainsi que de faibles valeurs de pH et de teneurs de CO32–.