Les interactions protéine-protéine sont impliquées dans de nombreux processus cellulaires ou dans leur dysfonctionnement, ce qui en fait, en théorie, des cibles thérapeutiques de choix (entre 100 000 et 600 000 interactions chez l’Homme sans compter les interactions avec les protéines des microorganismes…). Cependant, la conception de petites molécules chimiques absorbables par voie orale, capables de moduler ce type d’interactions, reste difficile et requiert la mise en place d’outils spécifiques et le développement de concepts novateurs.
Des succès récents ont permis de caractériser certaines propriétés structurales des interfaces protéine-protéine suggérant une possibilité de modulation par des petites molécules chimiques non-peptidiques ainsi que la définition d’un profil caractéristique de ces composés. Dans cette présentation, nous rappellerons certains concepts généraux et nous aborderons les nouvelles stratégies bio- et chemoinformatiques actuellement implémentées pour faciliter le développement de molécules bioactives spécifiques de ces cibles innovantes.